Organizm człowieka zawiera tysiące różnych gatunków bakterii, a ich
łączna liczba jest większa od liczby ludzkich komórek. Ich wpływ na
fizjologię, odporność i stan odżywienia jest bezdyskusyjny, a
jednocześnie bardzo złożony.
Opisanie społeczności mikroorganizmów w ciele człowieka było
przedmiotem licznych badań naukowych. Jednakże w celu porównania danych z
różnych badań i zminimalizowania zmienności potrzebne są jednolite
protokoły naukowe. Zakres finansowanego przez UE badania "International
human microbiome standards" (
IHMS) obejmuje standaryzację procedur badań nad ludzkim mikrobiomem.
W tym kontekście grupy uczestniczące w badaniu będą pracować nad
porównaniem i zoptymalizowaniem standardowych procedur i protokołów
pobierania próbek, sekwencjonowania genów drobnoustrojów i analizy
danych. Podczas pierwszego etapu projektu analizowano bieżące praktyki
na podstawie prac ponad 20 zespołów zajmujących się metagenomiką
ludzkiego jelita.
Ulepszono wiele parametrów pobierania próbek, w tym czas i
temperaturę pobierania, przechowywania i transportowania, które wpływają
na jakość próbek. Wzorcowo, próbki pobrane w domu powinny zostać
przetransportowane w ciągu jednego dnia, najlepiej w warunkach
chłodniczych. Aby zapobiec wzrostowi bakterii zachodzącemu w
temperaturze pokojowej, preferowane są warunki beztlenowe podczas
transportu. W projekcie IHMS zaproponowano metodę pobierania próbki i
transportu, która gwarantuje zachowanie gatunków mikroorganizmów do
analizy.
Do tej pory konsorcjum zsekwencjonowało DNA mikroorganizmów z
24 próbek kału i porównało imponującą liczbę ponad 3 milionów genów.
Oprócz analizowania i kompilowania danych naukowcy zamierzają również
zbadać skład filogenetyczny każdej z próbek. Będzie to ważnym narzędziem
w pracach nad scharakteryzowaniem społeczności mikroorganizmów.
Badania projektu IHMS pozwolą określić, w jaki sposób różne
uwarunkowania genetyczne, dieta i ogólnie rozumiany styl życia wpływają
na mikroflorę jelitową. Zaprojektowanie innowacyjnych farmaceutyków do
wspomagania endogennej mikroflory przełoży się na poprawę lub
przywrócenie zdrowia ludzi.
poleca:
