Międzynarodowy zespół naukowców opublikował artykuł opisujący
szczegółowo jedną z najobszerniejszych jak dotychczas map białek. Nowa
mapa, która obejmuje 14 000 interakcji między parami białek, jest cztery
razy większa od wszystkich wcześniejszych tego typu map. Według »Lab
Product News« zawiera więcej wysokiej jakości interakcji niż wszystkie
poprzednie badania razem wzięte.
Taki sposób identyfikowania interakcji białek może pomóc naukowcom
zrozumieć, jak białka funkcjonują na poziomie molekularnym i ostatecznie
przyczynić się do rozpoznania niektórych genów mających związek z
nowotworami. Badania, którymi współkierowali Frederick Roth z
Uniwersytetu w Toronto i Marc Vidal z Harvard Medical School, stanowią
kulminację prac badawczych nad interaktomem człowieka – kompletną
konfiguracją interakcji każdego z białek, z której wyłoniła się ta nowa
mapa.
Identyfikowanie interakcji białek to niemal jak tworzenie
podręcznika dla komórki człowieka. W wypowiedzi dla »Scientific
American« Roth posłużył się analogią między swoimi pracami a
mechanikiem, który posiada listę części, ale nie ma pojęcia, w jaki
sposób się ze sobą łączą: „Dzięki temu przechodzimy od brudnopisu listy
części, bez szczególnego uporządkowania, do listy części poukładanej
parami. Teraz zaczynamy rozumieć, jak się ze sobą łączą”.
Jak czytamy dalej w »Scientific American«: „Roth szacuje, że nowa
mapa ujmuje od 5 do 10 procent wszystkich interakcji białek w komórce
człowieka. Może wydawać się, że to niedużo, ale ostatnie poważne postępy
w pracach nad interaktomem człowieka zostały poczynione przed niemal
dekadą, kiedy Roth opublikował swoją pierwszą mapę obejmująca zaledwie
3 000 interakcji białek”.
Naukowcy posłużyli się doświadczeniami laboratoryjnymi do
identyfikacji interakcji, aby następnie wykorzystać modelowanie
komputerowe do synchronizacji białek, które łączą się z jednym lub
większą liczbą białek onkogennych.
W wypowiedzi dla »Lab Product News«, Roth zauważył, że po raz
pierwszy wykazano w toku badań wyższe prawdopodobieństwo interakcji
białek onkogennych między sobą niż z losowo wybranymi białkami, które
nie są onkogenne. Jak dodaje: „Po stwierdzeniu, że istnieje wyższe
prawdopodobieństwo łączenia się między sobą białek powiązanych z tą samą
chorobą, można posłużyć się tą siecią interakcji jak narzędziem
prognozowania w poszukiwaniu nowych białek onkogennych i kodujących je
genów”.
»Scientific American« wskazuje na bezpośrednie zastosowania w
badaniach naukowych nad nowotworami: „W toku badań powiązano gen
MAPK1IP1L z powstawaniem guza nowotworowego u myszy, ale nie
przestudiowano go szczegółowo, stąd białko, które wytwarza nie jest
obecnie uznawane za onkogenne u ludzi. W ramach badań prowadzonych przez
Rotha odkryto, że MAPK1IP1L wchodzi w interakcje z co najmniej trzema
znanymi białkami onkogennymi. To niekoniecznie oznacza, że MAPK1IP1L
jest genem nowotworowym, ale sugeruje ukierunkowanie przyszłych prac
badawczych”.
Więcej informacji:
http://www.cell.com/cell/abstract/S0092-8674%2814%2901422-6
poleca:
