Koordynacja danych z badań nad mikrobiomem

Organizm człowieka zawiera tysiące różnych gatunków bakterii, a ich łączna liczba jest większa od liczby ludzkich komórek. Ich wpływ na fizjologię, odporność i stan odżywienia jest bezdyskusyjny, a jednocześnie bardzo złożony.

Opisanie społeczności mikroorganizmów w ciele człowieka było przedmiotem licznych badań naukowych. Jednakże w celu porównania danych z różnych badań i zminimalizowania zmienności potrzebne są jednolite protokoły naukowe. Zakres finansowanego przez UE badania "International human microbiome standards" (IHMS) obejmuje standaryzację procedur badań nad ludzkim mikrobiomem.

W tym kontekście grupy uczestniczące w badaniu będą pracować nad porównaniem i zoptymalizowaniem standardowych procedur i protokołów pobierania próbek, sekwencjonowania genów drobnoustrojów i analizy danych. Podczas pierwszego etapu projektu analizowano bieżące praktyki na podstawie prac ponad 20 zespołów zajmujących się metagenomiką ludzkiego jelita.

Ulepszono wiele parametrów pobierania próbek, w tym czas i temperaturę pobierania, przechowywania i transportowania, które wpływają na jakość próbek. Wzorcowo, próbki pobrane w domu powinny zostać przetransportowane w ciągu jednego dnia, najlepiej w warunkach chłodniczych. Aby zapobiec wzrostowi bakterii zachodzącemu w temperaturze pokojowej, preferowane są warunki beztlenowe podczas transportu. W projekcie IHMS zaproponowano metodę pobierania próbki i transportu, która gwarantuje zachowanie gatunków mikroorganizmów do analizy.

Do tej pory konsorcjum zsekwencjonowało DNA mikroorganizmów z 24 próbek kału i porównało imponującą liczbę ponad 3 milionów genów. Oprócz analizowania i kompilowania danych naukowcy zamierzają również zbadać skład filogenetyczny każdej z próbek. Będzie to ważnym narzędziem w pracach nad scharakteryzowaniem społeczności mikroorganizmów.

Badania projektu IHMS pozwolą określić, w jaki sposób różne uwarunkowania genetyczne, dieta i ogólnie rozumiany styl życia wpływają na mikroflorę jelitową. Zaprojektowanie innowacyjnych farmaceutyków do wspomagania endogennej mikroflory przełoży się na poprawę lub przywrócenie zdrowia ludzi.